Sinopse: Subitamente, uma frota de navios com um misterioso e fortíssimo arsenal chamada "Frota da Névoa" surgiu pelo mundo inteiro. A humanidade não tinha a tecnologia para lutar contra tal frota e acabou expulsa dos mares. Dezessete anos depois da batalha, por alguma razão, Gunzou Chihaya e sua tripulação conseguem subir a bordo do I-401, e a personificação (Modelo Mental) do I-401, Iona, começa a lutar contra a Frota da Névoa.